却说自从巫妖两族顶立之时，妖族以不周山上之天庭为大本营，巫族以盘古殿为大本营，从此妖族管天，巫族管地。
后来巫族发现妖族的血肉对于修为的提升有很大作用，此后巫族一直偷偷大量捕杀妖族亿万生灵，致使妖族数量大量削减。终于纸包不住火，巫族捕杀妖族的事被妖族发现，妖族的天帝帝俊跟妖皇东皇太一得知之后，率领妖族跟巫族展开了大战，这也就是第一次巫妖大战的原因。
由于巫族有十二都天神煞大阵，所以巫族大败妖族，妖族的天帝帝俊跟妖皇东皇太一，以及十大妖圣险些丧命，幸好鸿钧老祖及时出现，这才阻止了妖族的灭亡，并且规定万年内巫妖两族不得发生战争。
巫妖第一次大战之后，鸿钧老祖见巫族的十二都天神煞大阵太过厉害，所以暗算巫族的北方水之祖巫共工与南方火之祖巫（回禄）祝融，最后两大祖巫双双身亡，最后巫族只得以大巫后羿跟刑天补齐十二都天神煞大阵，但是威力却无法跟以前由十二祖巫发动的十二都天神煞大阵相比。
而妖族却是在鸿钧老祖的指引之下领悟了周天星斗大阵，威力堪比十二都天神煞大阵。
万年之后，西方准提圣人暗算妖族十太子金乌，最后十大金乌齐出洪荒，致使洪荒大陆处于水深火热当中，无数的巫族因其而死，大巫后羿得知十大金乌为祸洪荒，致使百万巫族死亡之后。顿时震怒，凭借着上品先天灵宝震天弓的威力，炼制十支冰雕神箭，最后追杀十大金乌，但是由于一支冰雕神箭被烈火融化，所以最后只是杀了九大金乌，最小的金乌却凭借速度逃到了天庭。
天帝帝俊得知自己的九个儿子被后羿杀死之后，率领亿万妖族杀向洪荒大陆。
由于巫族两大祖巫身亡，此时的十二都天神煞大阵是由两个大巫加十个祖巫组成，而且大巫后羿经过灭杀九大金乌之后，实力大不如从前，所以这时的十二都天神煞大阵发挥不出全部的威力。而妖族则是有周天星斗大阵，而且妖皇东皇太一的混沌钟凭借先天至宝的威力，一砸就是数万巫族死亡，最后巫族不敌。
看到越来越多的巫族死亡，十大祖巫知道要是再不出手，巫族就将彻底退出洪荒大陆，连一丝血脉也留不下。作为盘古正宗的十大祖巫当然不会让这种情况发生，所以纷纷自爆，想要杀了天帝帝俊和妖皇东皇太一，以及十大妖圣，那样巫族就不会灭亡。
最后十大祖巫十去其九，只剩下祖巫后土；妖族则是天帝帝俊和妖皇东皇太一，以及十大妖圣纷纷而亡，至此，巫妖两族退出争霸洪荒的舞台，人族应运而出。
由于这次巫妖大战带来的动静实在太大，所以致使洪荒大陆破碎，最后鸿钧老祖找回了四块最大的碎片，炼成了东胜神洲，西牛贺洲，南赡部洲，北俱芦洲。
巫妖两族退出洪荒大陆之后，天庭无人管辖，鸿钧老祖命座下两童子组建天庭，也就是后来的玉皇大帝跟王母娘娘。
玉皇大帝掌管天庭以后，西方的准提圣人由于不满西方大陆的贫瘠，所以暗算玉皇大帝的妹妹瑶姬，使其与欢喜佛坐下的弟子结成夫妻。
玉皇大帝发现后，杀了西方教的弟子跟瑶姬的大儿子杨蛟，但是瑶姬的二子杨戬却是被阐教的玉鼎真人所救，女儿被女娲娘娘收为徒弟，玉皇大帝不敢得罪圣人门下，所以只得作罢。
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