“根”又称“木叶暗部培训部门”，它的存在历来神秘，大部分忍者都没有资格知道它的具体位置，“根”组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。
身处光明中的三代火影猿飞日斩并不方便去做那些影响自己“伟光正”的形象的事情，于是“根部”应运而生，成为木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁。
所谓“根”之人，其成员在头目志村团藏的领导下，没有名字、亦无感情，没有过去，无有未来，心中只有任务。
其组织核心思想与正统的“火之意志”背道而驰，所谓“根之意志”在背后支撑起木叶村这棵“大树”的茁壮成长，深扎于大地之中的根茎默默的绞杀营养供给大树。
根组织总部，漆黑阴暗的地下房间中一名缠满绷带的老人坐在凳子上闭目养神。
“团藏大人！”一名头戴面具的根部忍者瞬身到老人面前单膝跪地道。
“何事。”
“织姬被杀了。”
志村团藏睁开了眼睛，表情阴鹫手中握着的拐杖也紧了紧，没有感情的平静开口道：“是谁杀的？”
“凶手做的很干净，我们并没有找到什么线索，只是通过舌祸根绝之印的感知下知道织姬已经死亡的信息，此外她的丈夫也一起消失了疑似被杀害了。”
“嗯...竟然敢暗杀我们根部的人，这是有人在挑衅老夫在木叶的地位吗，不管是谁暗杀我们根部的人都要付出血的代价，去追查吧尽快把凶手找到。”
“是！”
根部忍者消失不见，志村团藏面沉如水，如果有熟悉他的人在场一定能看出来，志村团藏现在非常的愤怒，织姬既是中森智美在根部的代号，中森智美手中掌握着大量的水之国单线线人的名单。
中森智美一死就等于断了与线人的联系，对整个水之国的情报计划产生了极大的影响，本来雾隐村就极为闭塞还实行着闭关锁国的政策，本国人民极度排外，雾隐村更有着“血雾之里”的美称。
想要在水之国乃至雾隐村混入一个间谍是千难万难的事情，根组织好不容易渗透进了水之国，并且中森智美还发展线人成功打入雾隐村内部，为木叶打探到了不少有价值的情报，现在又被神秘“暗杀”了，这让生性多疑的团藏异常愤怒。
然而事情并没有根组织忍者和志村团藏想的那么复杂，中森一家三口完全是被某木叶吊车尾浓眉小鬼给干掉了，生性多疑的志村团藏完全是陷入了思维误区，
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