一、星际争霸I
（一）反抗呐喊
在距离地球遥远无际的科普卢星区，人类殖民地玛·萨拉星正陷入危机之中。一群受母巢意志支配，企图吞噬所有生命的外星异虫已大举入侵了这个星球，联邦政府(负责管辖玛·萨拉和其他人类世界的政府)下令撤离所有军事人员，任由这个殖民地遭受虫群的肆虐。联邦治安官吉姆·雷诺为对抗外星入侵者和拯救平民而加入了由极具野心与个人魅力的阿克图尔斯·蒙斯克所领导的反联邦革命组织：克哈之子。尽管组织解救了不少生命，但星球依然被异虫所吞没。随后，星灵(高度文明的种族，通过共有的心灵链接“卡拉”联系在一起)用强大的炮火将整个星球焚烧殆尽。
玛·萨拉沦陷后，克哈之子(包括雷诺、蒙斯克以及莎拉·凯瑞甘，她曾是一名幽灵特工——一种受控于联邦政府的超能力杀手)在安提加主星重整旗鼓。吉姆和莎拉两人虽然刚认识时并不顺利；但作风硬朗的治安官和拥有强大灵能的杀手迅速成为了高效的伙伴。当异虫入侵安提加主星之时，蒙斯克提议克哈之子使用“灵能发射源”——一种由联邦设计、可用来吸引无数异虫蜂拥而至的信标装置——来对付联邦军队。战术虽然残忍，但却十分有效。
初尝胜利果实的克哈之子继续利用“灵能发射源”控制异虫，对联邦的首都塔桑尼斯发动攻击。莎拉和吉姆并不赞同把异虫当作武器，但蒙斯克的态度十分坚决。异虫的大量聚集吸引了星灵军队的到来，蒙斯克指使凯瑞甘带领一支小分队去对付他们，而克哈之子则趁机洗劫了这个星球。
莎拉并不知道，当她还是以幽灵身份为联邦效力期间，曾暗杀了阿克图尔斯的父亲，在加上她对蒙斯克命令的质疑，使得蒙斯克感到留她无用。当塔桑尼斯沦陷时，蒙斯克扔下了凯瑞甘，任由她被异虫吞没。
雷诺与他的追随者愤而退出克哈之子。虽然他们随后偷走了蒙斯克的旗舰战列巡航舰休伯利安号，但依然无法阻止阿克图尔斯。他重组了已灭亡的联邦政府并重新命名为泰伦帝国，于是一个改头换面的暴君就此诞生于科普卢星区。
（二）虫群主宰
虽然阿克图尔斯·蒙斯克抛弃了莎拉·凯瑞甘，让其自生自灭，但是他万万没有想到异虫居然会如此物尽其用。异虫对她身上的灵能产生兴趣，继而将凯瑞甘带回了满布岩浆的查尔。在那里，异虫的首脑主宰，逐渐将她变异为刀锋女王。她成为了首个被异虫感染却仍然能保留自我意识的个体。
处于昏睡状态的凯瑞甘用意念向外界绝望地呼喊求救，此时尚未撤离塔桑尼斯的吉姆·雷诺获知这一情况，率领前克哈之子成员(雷诺的游骑兵)立即前往查尔拯救她。
凯瑞甘的求救不仅唤来了雷诺的游骑兵，由执政官塔萨达尔所指挥的星灵部队也收到信号而向查尔进发。塔萨达尔曾竭力为异虫感染的玛·萨拉星球不被摧毁而努力过，但星灵的统治阶层最高议会否决了他的主张，他们认为遏制异虫远比任何人类生命要来得重要。
另一支由圣堂武士泽拉图率领的星灵部队同样收到凯瑞甘的呼唤而朝查尔前进。这个由黑暗圣堂武士(摒弃卡拉的星灵)所组成的族群一直与其他的卡莱星灵处于敌对关系，但在查尔，他们为了共同的目标而团结在一起，那就是要消灭那里的异虫。雷诺的游骑兵试图救出凯瑞甘，但破茧而出的凯瑞甘却对星灵和人类部队发动猛烈攻击，使其溃不成军。
陷入困境的塔萨达尔和雷诺努力分散刀锋女王的注意力，而泽拉图则趁机杀死了负责指挥的异虫、地位仅次于主宰的脑虫扎兹。然而这个胜利只是暂时的，因为当泽拉图用他的心灵力量杀死扎兹的同时，也无意间让异虫发现了星灵的母星艾尔所在的位置。
异虫疯狂涌向艾尔试图吞噬星灵，将他们的基因纳入异虫体系中，以进化成最完美的种族。异虫的孢子、尖牙与虫翼包围了艾尔，而主宰也将自己深植在这个星区中，文明最先进的星灵母星。
（三）艾尔陷落
在艾尔上，星灵的最高议会与塔萨达尔的远征舰队失去了联系。他们当机立断地任命年经的圣堂武士阿塔尼斯取代塔萨达尔的执政官职位。阿塔尼斯和他的盟友们(包括终身为星灵效命的勇猛战士执政官芬尼克斯)试图击退异虫，但他们却陷入了苦战。
在查尔的塔萨达尔终于联系上艾尔，并且传递了一项重要的讯息：异虫的脑虫一旦被杀死，成群的异虫就会因此而陷入无人控制的狂暴状态。艾尔的守军试图杀死一只入侵的脑虫，但却失败了。而当最高议会得知塔萨达尔在查尔上与黑暗圣堂武士结为盟友后，塔萨达尔随即被他们安上了异教徒的罪名。芬尼克斯和阿塔尼斯在艾尔各地区展开艰苦的战斗，星灵节节败退，而芬尼克斯更是在安提奥克抵抗异虫的战役中不幸阵亡。
星灵在查尔和塔萨达尔会合，但并不是为了召回他的部队一同作战，而是为了撤除他的执政官职位并且逮捕他。他们下令将塔萨达尔带回艾尔受审，但塔萨达尔将他的发现告诉了他的族民：黑暗圣堂武士的虚空灵能可以一劳永逸地杀死脑虫。他说服阿塔尼斯救出在查尔被帝国囚禁的泽拉图，并且会同黑暗圣堂武士一起对艾尔上的脑虫发动攻击。阿塔尼斯带领卡莱星灵和泽拉图的部队回到艾尔，但当黑暗圣堂武士出现在星灵母星上时，却引发了骚动与星灵的内战。
为了战胜异虫，塔萨达尔试图推翻最高议会，但他同时却又不愿见到更多的族民为此而牺牲，因此最终把他自己交由议会来发落。尽管议会囚禁了塔萨达尔，但吉姆?雷诺和芬尼克斯(他后来被重新改造为战争机器龙骑士)却救出了他，此时塔萨达尔决定对主宰发动攻击。塔萨达尔用泽拉图教导他的方法，同时引导黑暗圣堂武士的虚空灵能以及艾尔灵的卡拉能量，驾驶他的旗舰对主宰展开自杀式攻击，壮烈牺牲的同时也消灭了主宰。
二、母巢之战
（一）背水一战
主宰死后虫群陷入了混乱状态，但它们仍包围着艾尔。艾尔的星灵将部队撤离至黑暗圣堂武士的母星萨古拉斯备战，并且努力尝试将两个族群合而为一。萨古拉斯黑暗圣堂武士的精神领袖，女族长拉莎加尔欢迎这些曾为同一族群的盟友来到她的星球，但却无法为他们提供安稳的环境，因为异虫并非只攻占了艾尔，由脑虫达格斯控制的另一支异虫群落也入侵了萨古拉斯。
结盟的星灵联合双方的力量试图消灭入侵萨古拉斯的异虫，但异虫的数量远远超过他们的联军。奋力抵抗异虫入侵的同时，他们得到了出乎意料之外的援助刀锋女王，凯瑞甘。她来到了拉莎加尔在萨古拉斯的根据地，并且发誓已脱离主宰的掌控。凯瑞甘希望星灵能帮助她杀死目前正在查尔上成长茁壮的新主宰，而作为交换条件，她可以帮助星灵消灭在萨古拉斯上的达格斯群落。她会协助星灵取得一对凯达林水晶，这件水晶神器能够启用萨尔纳加神殿所储存的能量，进而消灭虫群。(萨尔纳加是被星灵奉为造物主的古老种族)
泽拉图、芬尼克斯和阿塔尼斯认为与刀锋女王合作的后果堪忧，但拉莎加尔却愿意对凯瑞甘的计划做担保，于是勉强合作的双方开始分头寻找两块水晶神器。星灵与凯瑞甘的异虫联军从帝国的研究员手中取得了第一块水晶，并且从查尔上正在成长茁壮的主宰周围的野生异虫群落中取得另一块水晶。然而当他们正忙着寻找水晶下落的时候，反对异虫和黑暗圣堂武士合作的执政官阿达利斯开始怀疑女族长拉莎加尔，并且率领一群拥有同样想法的星灵士兵对抗拉莎加尔。星灵的先锋军击溃了阿达利斯的叛军，并且抓住了他，但正当他要说出为何怀疑拉莎加尔的时候，凯瑞甘却处决了他。
愤怒的星灵把刀锋女王逐出了他们的星球，并且在萨尔纳加神殿中心启动了凯达林水晶。神殿发出了一道强烈的冲击波横扫整个萨古拉斯，消灭了星球上的所有异虫。
（二）重拳铁腕
地球联合理事会(UED)将领阿列克谢·斯托科夫和杰拉德·杜格尔率领大军抵达了科普卢星区。他们的任务清晰明了：制压这里的人类，重新统一分裂的阵营。斯托科夫和杜格尔利用星区动荡的局势，和联邦政府的残党(由萨米尔?杜兰率领)联手，意图推翻蒙斯克元首。
地球联合理事会的部队企图拿下达拉瑞恩船厂的帝国战列巡航舰，他们在那里击败了蒙斯克的将领，埃德蒙?杜克。在杜兰的建议之下，他们降落到塔桑尼斯的旧都以取得灵能干扰器，这是联邦政府的一种装置，可以用来干扰异虫的灵能讯号。杜兰和杜格尔想要毁掉灵能干扰器以免落入蒙斯克手中，但斯托科夫认为这个装置是对抗异虫的利器，所以将它藏了起来。
乘胜追击的地球联合理事会入侵了克哈，也就是帝国的母星。在地球联合理事会以压倒性数量的强大舰队抓获蒙斯克之前，战列巡航舰休伯利安号就救走了元首。吉姆?雷诺(以及与他同行的星灵)依凯瑞甘的指示救出蒙斯克，希望能利用他的舰队来对抗地球联合理事会，这支威胁着整个星区的庞大舰队。
地球联合理事会在艾尔与联军交战，一支异虫部队围剿而来的同时，斯托科夫发现萨米尔?杜兰的部队在防御行动中不见踪影。斯托科夫起了疑心，弃战而去。少了支援，地球联合理事会的部队受到重创，雷诺、蒙斯克和星灵则穿过艾尔的超空间之门逃往萨古拉斯。
杜格尔怀疑同胞叛逃，指派杜兰追捕斯托科夫；可是当杜格尔抵达布莱克西斯时，他发现斯托科夫已经在灵能干扰器旁奄奄一息。据斯托科夫所言，杜兰才是真正的叛徒：他射杀了斯托科夫，设定了干扰器的爆炸。震惊于杜兰受异虫感染的事实，杜格尔和部队回收了干扰器，残余的地球联合理事会舰队将攻击目标改为异虫。
虽然战况惨烈，但干扰器的表现极为成功：地球联合理事会让异虫陷入混乱，并利用药物与灵能镇住了新的主宰。得意于战果的他们以地球之名拿下了主宰。
（三）刀锋女王
在查尔围攻事件之后，凯瑞甘挣扎着重整旗鼓。她联络吉姆?雷诺和星灵，提议合作营救残存的帝国部队，并且反击地球联合理事会。由于主宰落入地球的控制，联军只有被迫同意，地球联合理事会是个比凯瑞甘更可怕的威胁。
在萨米尔?杜兰的指引之下，凯瑞甘试图将残破的异虫再度集结于她的麾下。她“鼓励”蒙斯克提供灵能发射器，将足够多的异虫引来她的身边，以摧毁地球联合理事会位于布莱克西斯的灵能干扰器。凯瑞甘和盟友随后进攻克哈，雷诺与芬尼克斯包围了防御阵地，而凯瑞甘的异虫则蜂拥而入，屠杀地球联合理事会的部队。拿下克哈之后，蒙斯克在此开始重建他的帝国，但是重新获得虫群的凯瑞甘则反咬盟友一口，杀死了芬尼克斯与杜克将军，并且逼迫雷诺与阿克图尔斯狼狈逃亡。
阻碍凯瑞甘掌控异虫的障碍，如今只剩下一个。凯瑞甘抵达萨古拉斯，绑架了拉莎加尔，强迫黑暗圣堂武士杀掉地球联合理事会所控制的主宰，同时用她自己的异虫击溃了地球联合理事会的部队。事成之后，泽拉图要求让拉莎加尔回来，但女族长本人拒绝了:从刀锋女王的魔爪伸向萨古拉斯的那一刻起，她就被凯瑞甘控制住了。与其让她继续成为刀锋女王的傀儡，不如就此了结她的生命。悲情泽拉图亲自手刃了自己的女族长。
之前遭到凯瑞甘欺骗的脆弱同盟杜格尔，蒙斯克与阿塔尼斯对查尔发动了一场破釜沉舟的奇袭，但是刀锋女王仍然将他们的舰队一一消灭...然后放走了一部分的生还者。残存下来的敌人已经无法对她构成威胁。蒙斯克与阿塔尼斯逃亡了，而杜格尔在地球联合理事会舰队全军覆没之后，绝望中结束了自己的生命。凯瑞甘对于自己能够完全掌控虫群而感到心满意足，在查尔巩固了自己的位置，随之陷入不祥的宁静。
同时，泽拉图在一颗黑暗的星球上发现了可怕的东西：由萨米尔?杜兰培养出来、融合异虫与星灵的生物。杜兰暗示自己效命的对象是比星灵所知还要伟大的存在，并且预测了混合体的到来他在整个科普卢星区都撒下了它们的种子它们将会永远改变银河。
三、星际争霸II
（一）自由之翼
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