小智和皮卡丘在枯叶市前往的道路悠闲的走着，“砰！”的一声掉进了一个洞。抬头一看。“杰尼~，杰尼~，杰尼~”，原来是五只戴墨镜的杰尼龟。
小智带着皮卡丘从洞里跳了出来，就让皮卡丘用十万伏特攻击带着老大墨镜的杰尼龟想直接收服他，再好好教育其他杰尼龟。没想到一只杰尼龟挺身保护了他。
“杰尼~杰尼~，杰尼~（振作一点！可恶…）”
“皮卡~（你想怎么样！）”
“嘎美~嘎（要打架吗？）”
“皮~（谁怕谁了。）”
杰尼龟老大和皮卡丘对视了一会，这时传来一阵警车的声音。
“杰尼~，嘎美~嘎美~！（不妙，逃！）”
“杰尼~，杰尼~，杰尼~，杰尼~，杰尼~（逃啊，逃啊…）”杰尼龟们跑了，而且跑得比兔子还快。
“你们有没有受伤啊，没事吧？”君莎小姐赶来对小智和皮卡丘问道。
小智和皮卡丘在君莎小姐的带领下来到警察局，君莎小姐告诉他们刚才的那些杰尼龟叫杰尼龟军团。它们全都是被人抛弃的宝可梦，它们到处恶作剧，四镇的人都感到困扰。
“被人抛弃的…”小智看了看小火龙的精灵球。
“如果当初它们又遇到好的宝可梦训练家的话，那么现在它们就不至于变成那个样子。”君莎小姐也为它们的遭遇感到遗憾。
小智和皮卡丘离开警察局，来到一条河，拿出所有宝可梦，准备开始训练。
皮卡丘、巴大蝶、卡蒂狗、小火马、妙蛙种子、小火龙开始了分组训练，巴大蝶与小火马一组，卡蒂狗与小火龙一组，皮卡丘与妙蛙种子一组，互相进行不同的训练。小智负责对他们的能力进行分析和记录，再给他们进行不同程度的训练，有时自己也会和他们一起训练，虽然是用拳脚和足球（近战拳脚，远战足球）。还有他们不让他们下手太重，造成重伤或是打成濒死状态，当然还有防止他们破坏周围的事物。
正在他们训练的时候，杰尼龟军团的其中一只杰尼龟突然从水里冒出来，对他们用水枪对每一组都来了一发，害他们的训练一下就被打乱了。
皮卡丘刚想使用十万伏特，突然飞来三根绳子绑住了他和巴大蝶还有妙蛙种子。小智还没反应过来，三发水枪分别击中卡蒂狗、小火马和小火龙。带走了皮卡丘、巴大蝶、妙蛙种子，小智收回卡蒂狗、小火马和小火龙后，就追了去。小智心想：“他们真的是乌龟吗？怎么跑的怎么快？”
小智一路追到了一座悬崖下，杰尼龟军团阻挡在他面前。
“杰尼龟你们为什么要带走皮卡丘他们？”
“因为他们想用皮卡丘他们换伤药。”喵喵跳了出来说道。
“喵喵！难道是你们搞的鬼儿”小智很惊讶喵喵会出现。
“不！是你打伤他们的一员，所以我们做了个交易。就是用皮卡丘他们交换伤药，喵~”喵喵的解释让小智非常吃惊，其实他早就发现少了一只。
“都是我，太冲动了。害了杰尼龟，还有皮卡丘他们。”小智在心里不断自责。
“杰尼龟你们放心我的部下会在明天中午把伤药送来，喵~”喵喵神气的说道。
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