虽然在狩猎地带没收服到30只宝可梦，但还是有了新伙伴的加入，那就是袋兽母子。一路旅行的小智和皮卡丘顺路来到黑暗市，一个在白天街道都十分冷清萧条的小镇。
“一个人也没有，这里不会是荒城吧？”
突然屋顶飞来几块石头，小智伸手，“唰唰唰——”就全部抓住扔了回去。
“啊！！！”三个小孩掉了下来，还好掉到草堆里。
“你们三个搞什么呢？”小智很有耐心的说道。
“你们不是宝可梦训练家吗？”
“是啊！我是真新镇的小智，他是…！”小智话还没说完，带头的小孩就掏出根棍子打了过来，但很快就发现棍子不见，到了小智手里。
“你们三个为什么这么讨厌宝可梦？”三个小孩开始害怕起来，以为小智想打他们，其实小智只是想逗他们玩。
“请等一下。”一个男人走了过来，“对不起，这些孩子好像给你制造困扰了，你们到我家来一下好不好？让我好好地向你道个歉。”于是小智和皮卡丘来到他们家的餐厅。
在餐厅里，小智了解到这个城镇会如此衰败，就是因为城里的亚斯道馆和卡兹道馆为了获得宝可梦联盟的承认成为黑暗市的正式道馆而互相斗争。有个人在注视着他们。
“开始了！”就在小智和皮卡丘在吃饭的时候，外面突然一整骚动，店长解释道：“是亚斯道馆跟卡兹道馆的小斗争，你们赶快躲到二搂去，如果被卷入斗争的话那就糟糕了。”
在二搂，看着窗外的斗争小智心里七八下的，想起以前在书看到的战争史。“我要去阻止他们。”说完小智起身准备下楼。
“啊额额额~”小智刚想下楼，就听见老板的呻吟。
“老板，来三十份便当。”
“限你一个小时之内送到卡兹道馆。”
“可是这卡兹道馆他们最近一直都赊欠没有付过款那？”老板慌张的说道。
“你的意识是，不准我们再赊欠了是不是？”
“即使你知道我们是卡兹道馆申请过来的武功高强的打手也一样。”三个自称是卡兹道馆的人，像强盗一样威胁老板。
“不行的，这样下去本餐厅会垮掉的。”老板苦笑道。
“你好像希望这家餐厅垮掉哦~”
“没关系，你希望垮掉的话我们就如你所愿。”三人中的两人威胁道。
“我可是很诚心的，千万不要这么说好不好？”老板苦求道。
“诚心？”
“诚意？”
“……（火箭队开场白）”三人公开了他们的真实身份，原来他们是火箭队。
“皮卡丘，十万伏特。”
“皮~卡~丘~！！！”
“好讨厌的感觉！！！×3”火箭队刚想袭击老板就被皮卡丘的十万伏特送走。
小智和皮卡丘刚扶起老板，就出现了一个小姐邀请他去帮亚斯道馆。小智犹豫了一下，决定，去看看讲讲道理，说不定能开导一下亚斯道馆的人。结果根本讲不通，还差点被修理了一顿。小智可不傻要是刚才动手的话说不定会反帮卡兹道馆，所以就逃回了餐厅。
很快争斗又开始了，双方为了挣钱，所以都想成为黑暗市唯一的官方指定道馆。“吧×2，电击兽（飞天螳螂）！！”亚斯和卡兹分别拿出了他们最强的宝可梦，打了起来。
双方道馆的手下也拿出宝可梦开战。因为马联盟的鉴定员就要来黑暗市，所以这是最后的战斗。
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