根，
又称“暗部培训部门”，
在原著中，
根部是因得到三代目火影-猿飞日斩的默许而长期存在，
一般情况下，
队员是由团藏直接招募组成，选择的对象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等，
而进入了根部，成为了所谓“根”之人，那就没有名字、亦无感情，没有过去，无未来，心中只有任务，以黑暗为养料，在背后支撑起木叶村这棵大树……
当然，
为了让根成为了木叶最直接有效的利剑，
根的队员需要接受“消灭自我“的训练，为了守密，也会对他们施加咒印，直至被“根”的意志洗脑，完全成为执行任务的棋子，
而在现在，
因为猿飞日斩独断专行的行事作风，
改变了很多的剧情，连带着根部都受到了极大的影响，团藏更是憋屈难受的想哭。
…………
此时，
木叶村西面，
一处秘密地下区域，这里是根组织的基地；
和暗部不同，根部的驻地一般都在地底下，寓意将树根深深扎进黑暗里；
“该死！真的是该死……”
“猿飞日斩，你就是不可理喻的混蛋和白痴，仗着自己的实力独断专行。”
“二代目火影-千手扉间大人选择你当三代目火影，就是一个极度错误的选择，木叶村将会在你的手中从巅峰跌入低谷。”
“狗日的猿飞日斩，总有一天你会付出血一般的代价的。”
“为什么……为什么二代目不选我当火影。”
“…………”
根部基地的最深处，一个办公室之内；
未来的忍之黑暗-志村团藏正在那里脸色难看的无能狂怒，
砰！！
一道破碎的声音响起，
或许是太过于憋屈和气急败坏，
志村团藏拿起放在桌子的茶杯就狠狠的摔在了地，
嗯，
这些年来，
他已经不知道摔坏了多少茶杯了，
一切的始作俑者就是三代目火影-猿飞日斩，
从一开始，
他就拿猿飞日斩当好基友好朋友，自认为两人之间有切割不断的羁绊，
却没有想到猿飞日斩至始至终都拿他当傻子和笨蛋，
特别是在坐三代目火影之位后，将二代目火影的很多方针政策都废除了，也不针对各大血继限界家族，
反而是开始扶持各大血继限界家族，哪怕是被二代目称之为“邪恶的宇智波一族”都给予了支持，还有就是千手一族，哪怕是化整为零，也不想着针对，彻底扼杀，哪怕根部想暗中用千手一族的一些忍者做实验，看能不能把木遁弄出来，也不被允许。
一句话，猿飞日斩仗着自己是三代目火影，想干什么就干什么，还狂妄自大的养虎为患，根本就不为木叶村的未来着想。
更可气的是，
他们长老团的权利也被压缩的严重，
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