在居民们的配合下，他们找到了一些黑暗种子。这些黑暗种子看起来像黑色的水晶，散发着微弱的黑暗气息。当他们试图摧毁这些种子时，种子突然释放出一股黑暗能量，将周围的空间扭曲。
路飞等人被卷入了黑暗空间中，这里是一个充满了恐惧和绝望的世界。他们看到了自己内心深处最害怕的场景，有路飞看到伙伴们一个个在自己面前倒下，索隆看到自己永远无法成为世界第一剑豪，山治看到自己失去了烹饪的能力……
“这是黑暗种子制造的幻觉，大家不要被迷惑！” 凌天大声喊道。他们相互鼓励，凭借着坚定的信念，逐渐摆脱了幻觉的影响。路飞率先清醒过来，他看着周围的黑暗空间：“我们要打破这个空间，摧毁黑暗种子！”
他们开始寻找黑暗空间的薄弱点，在寻找的过程中，他们发现这个空间是由黑暗种子的能量维持的，只要找到能量的核心，就能打破空间。经过一番探索，他们发现能量核心隐藏在一个巨大的黑暗漩涡中。
路飞等人朝着黑暗漩涡前进，一路上遇到了各种由黑暗能量形成的怪物。这些怪物形态各异，攻击力极强，但路飞等人已经熟悉了黑暗力量的特点，他们相互配合，轻松地击败了怪物。
当他们来到黑暗漩涡前，发现漩涡中有着强大的吸力，试图将他们吸入其中。路飞用橡胶手臂抓住周围的物体，防止被吸走。索隆、山治等人也各自施展本领，稳住身形。
他们想出了一个办法，利用大家的力量形成一个反向的能量漩涡，抵消黑暗漩涡的吸力。在大家的共同努力下，反向漩涡成功形成，他们逐渐靠近黑暗漩涡的中心。
在中心位置，他们找到了黑暗种子的能量核心。这个核心散发着强烈的黑暗气息，周围有一层坚硬的黑暗护盾保护着。路飞等人发动攻击，试图打破护盾。
路飞用出最强的橡胶攻击：“橡胶?大猿王枪?霸海！” 他的攻击狠狠地撞击在护盾上，护盾出现了一丝裂痕。索隆、山治等人也用出自己的最强招式，不断地攻击护盾。
经过多次攻击，护盾终于被打破。他们毫不犹豫地朝着能量核心发动了最后一击，将能量核心摧毁。随着能量核心的摧毁，黑暗空间开始崩塌，他们成功地回到了天空之城。
回到天空之城后，他们继续寻找其他的黑暗种子。在大家的共同努力下，他们终于找到了并摧毁了所有的黑暗种子。天空之城彻底恢复了和平与光明，居民们对路飞等人感激涕零。
在离开天空之城时，居民们送给他们许多珍贵的礼物和天空之城的特产。路飞等人带着满满的收获和美好的回忆，乘坐着万里阳光号离开了天空之城。
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