在这种情况下吴襄就以大明代表的身份跟葡萄牙王国展开谈判，对于大明的态度穆里尼奥也非常的欢迎，他也清楚大明毕竟是个大国，自己能取得这样的战果就要及时收手，如果继续战争吃亏的肯定是实力不足的葡萄牙。于是穆里尼奥向大明提出支付军费，开放港口，允许传教，以及允许葡萄牙人组建贸易据点和经商优先权等条件，并且穆里尼奥还要大明和孔有德罢兵休战并且承认鲁国政权。穆里尼奥提出来的条件对于葡萄牙来说是此前梦寐以求的事情，如果能够让大明答应这些条件，那么葡萄牙在大明的贸易将会创造前所未有的利益，甚至连葡萄牙人自己都不敢想象利益会有多大。然而谈判这些要求关宁军控制的大明朝廷上下全都没有意见，毕竟葡萄牙王国开出的条件放到大明的历史也是相当宽大，虽然这些条件意味着大明的海禁彻底失效，但是急着自保的关宁军诸将对维护祖宗之法丝毫没有兴趣，毕竟他们干的事就很违背祖宗之法，结果朝廷的文臣见关宁军都没有意见也没有意见，除了头铁的崇祯对此非常不满外，没有人会去计较这些条件，于是吴襄很快就一口答应。
但是虽然关宁军和葡萄牙的谈判非常顺利，但是真正的重点还是跟孔有德进行谈判，毕竟如果要跟孔有德的谈判破裂，那么穆里尼奥可以继续以鲁军总兵的名义进攻，而他旗下那些欧洲佣兵也都乐于继续在大明抢劫，到时候该打的战争还是要打。于是吴襄派出陆澄去鲁军大营跟孔有德去谈判，孔有德本来也没有推翻大明的想法，他本身也是矿工出身没什么远大的野心，而且他的兵力也做不到拿下整个大明，所以他要求朝廷正式任命自己为鲁王并承认自己割据山东，孔有德知道只要能够获得朝廷的承认自己就算取得完全胜利。关宁军见山东反正也不是自己的地盘，所以吴襄认为给出去了反正对自己也没有损失，于是很快吴襄就答应了孔有德的条件，但是他考虑到现在关宁军政权立足未稳，贸然封皇室以外的人为王这种有伤国本的事情会造成动荡，于是他转而提出要册封孔有德为鲁国公，孔有德对此也没有反对，因为他很清楚自己真正需要的是朝廷承认自己控制山东，于是他很快他就答应了关宁军的条件并且率领鲁军撤出北直隶，穆里尼奥随后率领葡萄牙军队也撤出了天津，至此这场跌宕起伏的明鲁战争以大明承认孔有德的鲁国而告终。
很快京师兵变和明鲁和谈的消息就传遍了全国各地，这下造成了极其巨大的震动，崇祯皇帝被关宁军控制和朝廷被迫承认孔有德标志着大明的威望一落千丈，有不少声称忠于大明的地方官纷纷宣布不承认目前的朝廷，而本来就有野心的地方将领则趁机控制地方形成了割据，而各地的农民军则依旧在四处活动发展自己。然而这些对于新成立的朝廷来说问题不是那么大，由于朝廷腐朽至极的财政导致收入已经微乎其微，再少点也已经不是什么太大问题了，而且关宁军则在政变后立刻用钱粮稳住了京师周围的明军，并且很快就把他们掌握在自己手里，就这样关宁军很快控制了京师周围的北直隶和山西形成根据地，接下来关宁军四处掠夺各地的皇庄和庄园，一时间让他们瞬间积累了大量资本。
在稳定了华北各地之后，关宁军政府就开始把目光放到了西北，此时坐镇西北的是大明陕甘总督洪承畴，他手握西三边是主力大军在对抗农民军，大部分农民军面对他就是闻风丧胆，而且洪承畴麾下的西军也是可以在声望上比肩关宁军的强军，如果此时洪承畴打着解救崇祯的旗号挥师东进后果将不堪设想。此时西军麾下农民军出身的参将刘钰则建议洪承畴主动跟关宁军政权接触，并且向他们讨要国公的地位，洪承畴本身其实并没有造反的心思，但是他对关宁军政权心里也不服气，并且更不服孔有德通过早饭当了鲁国公，而且事到如今他麾下的不少将领都希望洪承畴更进一步，到时候他们跟在后面也水涨船高，所以经过综合考虑后洪承畴采纳了刘钰的建议并派出陕西巡抚孙承宗出使京师。
对于洪承畴的要求吴襄欣然的接受，这些关宁军将领讲究实用，他们现在能实际控制的地区也就直隶，山西和宁锦，其他地方且不说实际控制，他们甚至连税收都收不上来，所以他们并不在意这些领地的名义，在陆澄的建议下关宁军控制朝廷封洪承畴为岐国公并统领陕甘，这就意味着在实际上允许洪承畴裂土封疆。不过作为代价关宁军政权表示之后洪承畴要自己去筹备自己的粮食，因为以目前朝廷破烂的财政，关宁军正在急着消减开支满足自己的军饷，不过这对于粮食官员出身的洪承畴来说可以讲专业对口，他获得了管辖陕甘的权力后立刻查抄了多个明朝王爷，很快他就凑出很多的军饷，有些官员纷纷弹劾洪承畴，但是不想节外生枝并且也计划查抄王爷的关宁军政权对此不予理会。
之后在关宁军的操控下崇祯任命祖大寿为蓟国公，至此彻底确认祖大寿身为朝廷掌控者的地位，毕竟在册封了洪承畴和孔有德为国公后，祖大寿也需要这个爵位来树立威信，而且关宁军诸将也希望祖大寿提高爵位自己好跟着去水涨船高。在陆澄的建议下关宁军政权加大了和葡萄牙的交流，关宁军政权用大量搜刮而来的财宝跟葡萄牙进行粮食和白银贸易，并且还利用皇室瓷窑源源不断生产的顶级瓷器跟葡萄牙进行贸易。除此之外在南洋多年的陆澄还建议引进土豆番茄玉米红薯这类的美洲作物，由于成本不高关宁军政权秉承着试一试的态度同意了陆澄的建议，然后很快这些美洲农作物就取得了巨大的成效，此前关宁军凭借着武力强制收回皇庄和庄园，然后这些土地上的美洲作物很快就喂饱了两个省的民众和关宁军，这标志着关宁军政权在自己的辖区实现了自给自足。
在这个背景下陆澄开始整顿自己统帅的神机营，首先那些已经沦落到武装工人的老兵几乎全部被裁员遣散到工厂和农田去打工，陆澄以自己之前统帅的上千火绳枪兵为班底重组神机营，和其他大量招揽蒙古牧民的关宁军将领不同，他选择在华北招募当地的农民，并且收编部分散兵游勇和农民军，而武器则全都是由葡萄牙购买，甚至还请来了欧洲教官训练士兵。最终陆澄训练了上万神机营士兵，其中包括一个包括二十门红衣大炮的炮兵团，一个龙骑兵团，一个警卫团以及七个步兵团，之后吴襄带着崇祯皇帝检阅神机营，吴襄对神机营的印象很好，“陆澄不愧是我关宁军的后起之秀，这个火器营训练的有板有眼，跟之前在山东交手的番兵方阵差不多。”
与此同时鲁国公孔有德在以总兵穆里尼奥为首的葡萄牙人的帮助下也开始了建设，孔有德虽然在部下的建议下自称孔子后代提高威望，然而这在山东士人眼里的形象依然不好，在这种情况下孔有德加强了和葡萄牙的合作谋求海外支持，和关宁军政权相比山东的优势在于港口，所以很快胶东半岛涌入了大量洋人，这让登州，莱州，胶州，威海等港口变得非常的繁荣。在这个背景下孔有德这边甚至早于关宁军政权进行改革，孔有德虽然大字不识，但是在穆里尼奥和其他顾问的的劝说下进行建设，鲁军将领主要想要粮食和军饷，因此他们同样引进了北美作物提高产粮，并且十万鲁军集体还进行了西式改革，与此同时欧洲的天主教也在山东迅速扩张，并且不断的跟本地的儒家进行融合，胶东半岛随着欧洲居民的增加开始西化，孔有德还在本地建造大量商道发展贸易。
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