面对六镇起义的动乱情况，北魏政府先后三度易帅，分别以淮王元彧、尚书令李崇、元渊为北征大都督，率军北进，镇压起义军，但与义军的交锋却一再失利。524年八月，六镇东西两部敕勒酋长带领部落牧民全都归附了起义军，义军完全控制了整片六镇地区。
随着六镇爆发起义，关陇、河北各族纷纷起兵响应，北魏政权摇摇欲坠、濒临崩溃。为了挽回颓势，镇压各地起义，维护其统治，北魏胡太后听取佞臣的意见，不得不求助于柔然可汗阿那瓌。两方联合起来镇压起义军。
柔然可汗阿那瓌应北魏王朝的邀请，率十万军兵自武川西面向沃野进攻，协助北魏朝廷镇压六镇起义。北魏皇帝为了笼络柔然大汗，还多次遣人送赠物资犒劳赏赐阿那瓌。
525年六月，破六韩拔陵率领大军打算从五原这个地方围剿北魏北征大都督元渊的军队，不幸遭到北魏军将领贺拔胜所带领的二百人军士的突然袭击，大军受挫后稍向后退。
敌对双方处于对峙局面，北魏北征大都督元渊于是派参军于谨分化离间西敕勒酋长，准备削弱起义军的势力。
于谨不负所托，说服西部敕勒酋长乜列河等率三万余户牧民叛变破六韩拔陵，向北魏投降，导致起义军的军兵人数大幅减少，军事力量与北魏立时显得十分悬殊。
破六韩拔陵为了阻止西部敕勒酋长乜列河向北魏叛变，于是领兵截击，可惜计划被元渊识破，并派兵在路上埋伏伺机伏击，破六韩拔陵兵败后撤退，可是又遭到柔然可汗阿那瓌大军的追击，以至兵力受到重创。
525年八月，柔然军与魏军会合，在五原大败义军主力，破六韩拔陵被元渊伏兵击败，又被阿那瓌所在的大部队主力在后面大举歼击，接连损兵折将，他无奈只好南渡北河（今内蒙古乌加河）。
不过自此以后，破六韩拔陵就下落不明（有传说是被柔然军所杀），六镇起义大军的余部被迫向北魏投降。
北魏统帅元渊因为有柔然可汗阿那瓌的协助，终于击溃了六镇的起义军，镇压战争取得了胜利。
北魏王朝将被俘义军和六镇居民20万人分别迁徙于冀、定、瀛三州（治今河北冀州、定州、河间）。六镇起义至此失败。
六镇起义虽然失败了，但却是沉重地打击了渐趋腐朽的北魏政权，影响遍及全国各地，并引发了关陇、河北人民地区的流民起义。
这些六镇被俘的20万兵民，北魏朝廷将他们全都安置在河北三州，不幸的是当时恰逢河北遭遇了先是洪水后又干旱的大灾荒，被俘的军民无粮可供食用，甚至是树根、草根都被一扫而空，灾民无处安身，出现了大量逃亡现象。二十万六镇军民走投无路，于是再度揭竿而起，反抗北魏朝廷。
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